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Stage - Portage d’un algorithme bio-informatique dans un environnement HPC/Big Data (H/F) posté par Thales

CDI - temps plein
Toulouse
N/A
4 Candidatures

Description de l'offre

QUI SOMMES-NOUS ?

Rejoignez Thales, leader mondial des technologies de sûreté et de sécurité pour les marchés de l’Aérospatial, du Transport, de la Défense et de la Sécurité. Fort de 64 000 collaborateurs dans 56 pays, le Groupe bénéficie d’une implantation internationale qui lui permet d’agir au plus près de ses clients, partout dans le monde.


Nos équipes de l’activité Systèmes d’information critiques et cybersécurité fournissent des services et des solutions globales optimisant la performance, la résilience et la sécurité des systèmes d’information afin de faire face aux ruptures technologiques et aux cybermenaces.


Nous recherchons un/une Stagiaire - Portage d’un algorithme bio-informatique dans un environnement HPC/Big Data (H/F)

Basé(e) à Labège (31)

QUI ETES-VOUS ?


Vous êtes étudiant en dernière année d’une école d’ingénieur ou de la faculté, spécialisé en informatique ou bio-informatique.

Vous êtes familier avec les langages de programmation java et python.

Un intérêt pour la biologie est un plus.

Vous êtes autonome, faites preuve de curiosité et avez un bon niveau en anglais écrit.

CE QUE NOUS POUVONS ACCOMPLIR ENSEMBLE :


Vous intègrerez un projet nouveau sur le stockage et le traitement des données médicales (imagerie, séquençage etc…).

Le but est de répondre aux besoins des hôpitaux. Les nouvelles technologies produisant toujours plus de données, les problématiques de stockage et d’analyse deviennent cruciales.
Le stage porte plus particulièrement sur l’analyse des données de séquençage. Celle-ci commence quasi-systématiquement par un alignement sur le génome de référence. Cette étape, peut facilement être divisée en millions de petites tâches indépendantes. La question de l’optimisation se pose donc naturellement.

Vous serez amené à porter l’algorithme BWA dans les technologies Big Data dernière génération puis à effectuer une évaluation suivant différents critères (tel que les performances, la scalabilité, ...).

En fonction des résultats, le stagiaire pourra aussi être amené à l'adapter au HPC via l'utilisation de librairies telles que openMP/MPI.

L’objectif de ce stage est de faire un état de l’art des études existantes puis d’effectuer une évaluation comparative de ces solutions pour un même algorithme dans un même contexte de tests.


Plusieurs études ont déjà été menées, concernant l’algorithme BWA [1], dans différents contextes techniques (Hadoop [2], Spark [3]), mais peu de comparaisons et de synthèses ont été faites.

[1] https://arxiv.org/pdf/1303.3997.pdf

[2] Postuler maintenant >>.

Numéro de référence

THA-6475376

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