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Métier : Ingénieur(e) Informatique – Chef(fe) de projet déploiement EDS Recherche de l’AP-HP posté par FONDATION DE l'AP-HP POUR LA RECHERCHE

CDD/Intérim - temps plein
PARIS
50.000,00 € - 55.000,00 € / an

Description de l'offre

Structure : WIND – Web Innovation Données – Domaine Données

Direction des Systèmes d’Information de l’AP-HP

La Direction des Systèmes d’Information (DSI) a pour mission d'assister le Directeur Général de !'Assistance publique - hôpitaux de Paris dans la conception, le pilotage et la mise en œuvre de la politique système d’information de l'AP-HP.  Elle est rattachée au secrétariat général de l’AP-HP.

Sous réserve des attributions propres aux Directions assurant la maîtrise d’ouvrage métier, les missions et domaines de

Le budget d’investissement géré est de près de 70 M€ et le budget d’exploitation est de 125 M€.

Le nombre d’agents de la DSI centrale en équivalents temps pleins est de 370.


Le département Web Innovation Données au sein de la DSI a en charge :

À travers le domaine Web, en lien avec la direction de la communication (DIRCOM) et la direction du pilotage et de la transformation (DPT) : les portails internet de l’institution (Drupal, WordPress, etc.), les outils collaboratifs (SharePoint, Alfresco, etc.), les applications mobiles et les nouveaux téléservices de l’AP-HP (paiement en ligne, prise de rendez-vous en ligne, portail patient, etc.) permettant de dématérialiser les relations avec le patient ;

À travers le domaine Données, en lien avec la direction de l’organisation médicale et des relations avec les universités (DOMU) : (i) l’expertise données en soutien à la mise en place d’une gouvernance institutionnelle des données, (ii) le développement de l’entrepôt de données de santé et de la plateforme Big Data de l’AP-HP et l’organisation de la mise à disposition des données à des fins de recherche, de pilotage et d’innovation (iii) la maintenance de divers référentiels de données cliniques sur des standards internationaux, nationaux ou AP-HP ;

À travers la plateforme Bio-Informatique : la proposition d’une offre de services et d'expertise aux pôles de biologie de l’AP-HP face aux besoins dans leur gestion informatique du séquençage, qu’il s’agisse de l’infrastructure, des logiciels avec leurs ressources de calcul associées, ainsi que de l’expertise métier en bio-informatique.

A travers le domaine BNDMR (Banque Nationale de Données Maladies Rares) en lien avec la DOMU : le pilotage d’un projet national visant à développer, maintenir et déployer une application de collecte de données dans le cadre du soin (BaMaRa- Base Maladies Rares) et la mise en place d’un entrepôt de données national sur les maladies rares.


Le département a par ailleurs comme mission de favoriser l’Innovation, en lien avec la DPT: le développement progressif d’une offre permettant l’organisation d’évènements dans les hôpitaux (conférences, cafés, hackathons, etc.), le soutien aux projets les plus prometteurs, et plus généralement l’organisation de la veille et la prospective sur les transformations numériques et leur impact sur l’hôpital ;


Description du Domaine Données:

Le domaine Données de WIND est composé de trois équipes :

• L’équipe Expertise Données a pour mission d’assurer le cadrage de la gouvernance institutionnelle des données (cadre réglementaire, cadre d’interopérabilité, programme qualité des données)

• L’équipe Plateforme Big Data et Entrepôt de Données de Santé (EDS) est responsable de la mise en place de la plateforme Big Data de l’AP-HP qui doit permettre l’intégration des données de santé massives et complexes (séquences de gènes, images, signaux, textes, etc). L’objectif de cette plateforme est de faciliter l’utilisation de ces données à grande échelle, de manière performante et sécurisée dans le respect des principes et règles de gouvernance des données définis par l’AP-HP, pour diverses finalités (recherche, enseignement, pilotage médico-économique et opérationnel, innovation diagnostique et thérapeutique, maîtrise des vigilances et risques).

• L’équipe Référentiels Métiers et Offre de soins a pour mission de mettre en œuvre des solutions de gestion et de distribution des référentiels/terminologies métier et des bases de connaissances du Systèmes d’Information (SI) Patient dans divers domaines de la santé: spécialités médicales ou chirurgicales, biologie, imagerie, génétique, circuit du médicament etc. Ces référentiels métier permettent l’échange, le partage et l’exploitation des données de santé. L’équipe assure également la gestion de la base de données institutionnelle de l’offre de soins et la maintenance d’un moteur de recherche améliorant la lisibilité sur Internet de l’offre de soin et des activités de l’AP-HP.

La Plateforme Big Data héberge l’Entrepôt de Données de Santé (EDS) qui intègre les données médicales, administratives et sociales des patients pris en charge à l’AP-HP. Elle offre également des services d’hébergement et de traitement de données de santé dans le cadre de projet de recherche clinique ou épidémiologique nationaux et internationaux. Les environnements techniques sur lesquels le cluster Big Data, élément central de cette plateforme, est bâti sont : Hadoop (distribution Hortonworks avec les briques Hive, Spark2, Solr, Phoenix, Hbase, HDFS, Zookeper, Ambari…), base de données structurée PostGreSQL, Jupyter Lab, l’outil I2B2…

Cette plateforme compte actuellement 22 machines pour le cluster Hadoop (4928Go RAM, 840 cores CPU,1,4To d’espace disque HDFS), de 3 machines GPU (20 GPU Nvidia), de 10 machines CPU dédiées aux environnements Jupyter pour l’analyse de données, et 1 machine NFS de 78To.

L’entrepôt de données de santé contient aujourd’hui les données médicales de plus de 8 millions de patients (20 millions de dossiers médicaux, plus de 10 millions de diagnostics, 181 millions de résultats de laboratoires…). Un travail important de standardisation des données est en cours afin de s’aligner sur les standards internationaux et assurer une interopérabilité maximale des données (OMOP, FHIR et les terminologies médicales de référence LOINC, CIM…). Plus de 30 projets de recherche sont actuellement en cours.

Un effort important est porté au déploiement et au développement de l’usage des solutions de mise à disposition des données au travers d’outils spécifiques (logiciel I2B2, outil BI Cognos, outils propres de visualisation et de création de cohortes...) ou d’interfaces FHIR (API), en particulier dans le domaine de la cancérologie.

Composition de l’équipe :

L’équipe EDS Recherche est composée de 4 professionnels aux profils fonctionnels et techniques variés : un chef de programme, une cheffe de projet en charge de l’intégration de de données et deux prestataires.

Horaires de travail :

Sur la base de 35h hebdomadaires. Repos le week-end et les jours fériés

Statut :

Cadre

Détails :

Quotité de travail : 100%


ACTIVITES

Mission générale :


Vous aurez pour mission générale d’assister le chef de projet EDS Recherche et d’assurer le déploiement des solutions d’exploitation à des fins de recherche des données de santé de l’EDS et des bases de données de recherche clinique hébergés par la plateforme Big Data de l’AP-HP.

Vous aurez ainsi pour missions :

  • Développer les usages à des fins de recherche et d’innovation de l’EDS AP-HP
  • Participer à l’analyse des besoins, aux spécifications et à la qualification des solutions d’aide à la recherche et à l’innovation  
  • Assurer la formation, l’accompagnement des utilisateurs et le support applicatif de niveau 1/2 sur ces solutions

Missions spécifiques :

  • Cadrage, conception et qualification
    • Participer à l’animation des groupes de travail métier, du club utilisateurs EDS Recherche, à l’expression de besoins
    • Participer au développement de partenariats avec des acteurs industriels ou académiques (universités, INSERM, INRIA, CEA, etc) au niveau national ou international et au suivi de la contractualisation des projets de recherche et d’innovation
    • Participer au cadrage technico-réglementaire des demandes d’accès à l’EDS (projets de recherche, réponses à des appels à projet, partenariats)
    • Cadrer l’intégration des données pour finalités recherche (au sein de l’outil i2b2)
    • Participer aux spécifications des solutions d’aide à la recherche et à l’innovation (i2b2, Cohort360, RedCap, etc), rédiger les cahiers des charges et les spécifications fonctionnelles et techniques associées
    • Rédiger et exécuter des scenarii de tests lors des campagnes de qualification des solutions de l’EDS, rédiger un bilan de qualification
  • Déploiement
    • Faire le relai et animer la communauté de datascientists et coordinateurs EDS des sites, en aidant à l’organisation des « Clubs utilisateurs » et « Cafés Data »
    • Participer à l’élaboration d’une stratégie autour de l’IA à l’AP-HP, en lien notamment avec les instituts 3IA
    • Accompagner et dispenser des formations aux référents GH
    • Mettre à jour la documentation utilisateurs (dont sources des données), suivre l’avancement des formations et du déploiement
    • Coordination des liens avec le Health Data Hub et autres entrepôts de données de santé régionaux/nationaux
  • Déploiement / Support
    • Assister, en collaboration avec les datascientists de l’AP-HP, la réalisation de projets de recherche sur données et de projets d’IA en santé exploitant des données issues de l’EDS, déposés par les investigateurs AP-HP et les partenaires
    • Assurer le paramétrage des solutions applicatives
    • Apporter un support utilisateurs (qualifier la demande, traiter les incidents N1/N2, escalader les incidents au support N2/N3 (équipe R&D EDS)
    • Recenser les demandes d’évolution, documenter (rédiger des fiches de résolution (procédures), alimenter une base de connaissance)
  • Communication
    • Développer la communication du projet (site web dédié, flyers, newsletter, visibilité du projet et du contenu de l’EDS en termes de données  etc …) en lien avec la direction de la communication et la DRCI
    • Dispenser des présentations des travaux EDS lors de congrès nationaux/régionaux



Conditions requises

Savoir-faire requis

Chef(fe) de projet expérimenté(e) en conduite de projets informatiques du domaine de la santé

  • Recueillir, analyser, formaliser et valider les besoins fonctionnels et non fonctionnels utilisateurs
  • Concevoir des modèles de données, appréhender les formats de données et les procédures d’échange
  • Piloter, animer / communiquer, motiver une ou plusieurs équipes, conduire et animer des réunions
  • Adapter les moyens mis à disposition (ressources financières, humaines) et gérer le planning des projets
  • Bonne connaissance des méthodologies de gestion de projet (cycle en V, Scrum, méthodes agiles)
  • Capacité d’analyse et de synthèse, qualités rédactionnelles
  • Connaissance exigée des bases de données (Oracle, PostgreSQL) et des langages SQL associées
  • Connaissance approfondie en sécurité informatique, normes et standards d’échange

Apprécié :

  • Connaissance des standards d’interopérabilité du domaine de la santé (FHIR, OMOP, CDA, HL7, CIM, Snomed, LOINC…)
  • Connaissance des méthodes statistiques, IA et/ou épidémiologie

Travail en équipe :

  • Concevoir et évaluer un projet / un processus relevant de son domaine de compétence
  • Concevoir et rédiger une documentation spécifique à son domaine de compétence
  • S'exprimer en public
  • Utiliser les logiciels métier
  • Utiliser les logiciels métier

Connaissances associées

  • Bonnes connaissances des problématiques fonctionnelles hospitalières (structures, processus) et des métiers de la santé (dont la recherche sur données et la recherche clinique)
  • Connaissance des architectures SI métier et fonctionnelle
  • Connaissances en droit des données informatiques
  • Connaissances des bases de données relationnelles et langages associés (SQL)
  • Connaissances appréciées des nouvelles technologies dites « Big data » (Hadoop, Cluster de calculs, plateformes Big-Data, IA)
  • Enjeux liés à la recherche, à l’analyse de données et aux technologies de machine learning/deep learning, notamment dans le domaine de la santé (santé publique, génétique, épidémiologie…)


Savoir-être requis

  • Esprit d’équipe
  • Autonomie, rigueur, méthode
  • Excellentes aptitudes relationnelles et à la communication, capacité d’écoute et de vulgarisation, capacité de formation (Aisance à l’oral, diplomatie)
  • Capacité de travail importante, associée à un fort dynamisme.
  • Curiosité et capacité d’adaptation et d’anticipation
  • Adhésion aux valeurs du service public et intérêt prononcé pour le domaine de la santé

PREREQUIS/FORMATION

  • Diplôme d’ingénieur ou équivalent (bac+5, master 2) en informatiques ou sciences (mathématiques, physique…) avec formation complémentaire en informatique

EXPERIENCE CONSEILLEE

  • Expérience professionnelle souhaitée en informatique dans établissement de santé (Stage de fin d'étude)
  • Expérience souhaitée dans le domaine des entrepôts de données de santé  

Numéro de référence

n/a

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