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Chef(fe) de projet intégration et qualité de données posté par FONDATION DE l'AP-HP POUR LA RECHERCHE

CDD/Intérim - temps plein
Paris
50.000,00 € - 55.000,00 € / an

Description de l'offre

Direction des Systèmes d’Information de l’AP-HP

La Direction des Systèmes d’Information (DSI) a pour mission d'assister le Directeur Général de !'Assistance publique - hôpitaux de Paris dans la conception, le pilotage et la mise en œuvre de la politique système d’information de l'AP-HP.  Elle est rattachée au secrétariat général de l’AP-HP.

Sous réserve des attributions propres aux Directions assurant la maîtrise d’ouvrage métier, les missions et domaines de

Le budget d’investissement géré est de près de 70 M€ et le budget d’exploitation est de 125 M€.

Le nombre d’agents de la DSI centrale en équivalents temps pleins est de 370.


Le département Web Innovation Données au sein de la DSI a en charge :

À travers le domaine Web, en lien avec la direction de la communication (DIRCOM) et la direction du pilotage et de la transformation (DPT) : les portails internet de l’institution (Drupal, WordPress, etc.), les outils collaboratifs (SharePoint, Alfresco, etc.), les applications mobiles et les nouveaux téléservices de l’AP-HP (paiement en ligne, prise de rendez-vous en ligne, portail patient, etc.) permettant de dématérialiser les relations avec le patient ;

À travers le domaine Données, en lien avec la direction de l’organisation médicale et des relations avec les universités (DOMU) : (i) l’expertise données en soutien à la mise en place d’une gouvernance institutionnelle des données, (ii) le développement de l’entrepôt de données de santé et de la plateforme Big Data de l’AP-HP et l’organisation de la mise à disposition des données à des fins de recherche, de pilotage et d’innovation (iii) la maintenance de divers référentiels de données cliniques sur des standards internationaux, nationaux ou AP-HP ;

À travers la plateforme Bio-Informatique : la proposition d’une offre de services et d'expertise aux pôles de biologie de l’AP-HP face aux besoins dans leur gestion informatique du séquençage, qu’il s’agisse de l’infrastructure, des logiciels avec leurs ressources de calcul associées, ainsi que de l’expertise métier en bio-informatique.

A travers le domaine BNDMR (Banque Nationale de Données Maladies Rares) en lien avec la DOMU : le pilotage d’un projet national visant à développer, maintenir et déployer une application de collecte de données dans le cadre du soin (BaMaRa- Base Maladies Rares) et la mise en place d’un entrepôt de données national sur les maladies rares.


Le département a par ailleurs comme mission de favoriser l’Innovation, en lien avec la DPT: le développement progressif d’une offre permettant l’organisation d’évènements dans les hôpitaux (conférences, cafés, hackathons, etc.), le soutien aux projets les plus prometteurs, et plus généralement l’organisation de la veille et la prospective sur les transformations numériques et leur impact sur l’hôpital ;


Description du Domaine Données:

Le domaine Données de WIND est composé de trois équipes :

• L’équipe Expertise Données a pour mission d’assurer le cadrage de la gouvernance institutionnelle des données (cadre réglementaire, cadre d’interopérabilité, programme qualité des données)

• L’équipe Plateforme Big Data et Entrepôt de Données de Santé (EDS) est responsable de la mise en place de la plateforme Big Data de l’AP-HP qui doit permettre l’intégration des données de santé massives et complexes (séquences de gènes, images, signaux, textes, etc). L’objectif de cette plateforme est de faciliter l’utilisation de ces données à grande échelle, de manière performante et sécurisée dans le respect des principes et règles de gouvernance des données définis par l’AP-HP, pour diverses finalités (recherche, enseignement, pilotage médico-économique et opérationnel, innovation diagnostique et thérapeutique, maîtrise des vigilances et risques).

• L’équipe Référentiels Métiers et Offre de soins a pour mission de mettre en œuvre des solutions de gestion et de distribution des référentiels/terminologies métier et des bases de connaissances du Systèmes d’Information (SI) Patient dans divers domaines de la santé: spécialités médicales ou chirurgicales, biologie, imagerie, génétique, circuit du médicament etc. Ces référentiels métier permettent l’échange, le partage et l’exploitation des données de santé. L’équipe assure également la gestion de la base de données institutionnelle de l’offre de soins et la maintenance d’un moteur de recherche améliorant la lisibilité sur Internet de l’offre de soin et des activités de l’AP-HP.

La Plateforme Big Data héberge l’Entrepôt de Données de Santé (EDS) qui intègre les données médicales, administratives et sociales des patients pris en charge à l’AP-HP. Elle offre également des services d’hébergement et de traitement de données de santé dans le cadre de projet de recherche clinique ou épidémiologique nationaux et internationaux. Les environnements techniques sur lesquels le cluster Big Data, élément central de cette plateforme, est bâti sont : Hadoop (distribution Hortonworks avec les briques Hive, Spark2, Solr, Phoenix, Hbase, HDFS, Zookeper, Ambari…), base de données structurée PostGreSQL, Jupyter Lab, l’outil I2B2…

Cette plateforme compte actuellement 22 machines pour le cluster Hadoop (4928Go RAM, 840 cores CPU,1,4To d’espace disque HDFS), de 3 machines GPU (20 GPU Nvidia), de 10 machines CPU dédiées aux environnements Jupyter pour l’analyse de données, et 1 machine NFS de 78To.

Un effort important est porté à l’intégration rapide des données cliniques (structurées et non structurées) produites dans les différents systèmes d’information hospitaliers (dossier patient informatisé ORBIS, logiciels historiques et de spécialité, données des moniteurs haute fréquence, données d’imagerie, données de séquençage génétique…) afin de pouvoir les mettre à disposition de tiers au travers d’outils spécifiques (logiciel I2B2, outil BI Cognos, outils propres de visualisation et de création de cohortes...) ou d’interfaces FHIR (API).

L’entrepôt de données de santé contient aujourd’hui les données médicales de plus de 8 millions de patients (20 millions de dossiers médicaux, plus de 10 millions de diagnostics, 181 millions de résultats de laboratoires…). Un travail important de standardisation des données est en cours afin de s’aligner sur les standards internationaux et assurer une interopérabilité maximale des données (OMOP, FHIR et les terminologies médicales de référence LOINC, CIM…). Plus de 30 projets de recherche sont actuellement en cours.

Un effort important est porté au déploiement et au développement de l’usage des solutions de mise à disposition des données au travers d’outils spécifiques (logiciel I2B2, outil BI Cognos, outils propres de visualisation et de création de cohortes...) ou d’interfaces FHIR (API), en particulier dans le domaine de la cancérologie.

Composition de l’équipe :

L’équipe plateforme Big Data est composée de 7 professionnels aux profils fonctionnels et techniques variés : 4 chefs de projets sont en charge de la plateforme Big Data, de l’infrastructure et des développements en lien avec l’EDS, une cheffe de projet en charge de la cellule d’intégration et de la qualité des données, un chef de projet en charge du projet EDS Recherche et une cheffe de projet en charge du projet EDS Pilotage.

L’utilisation des données de soins dans un contexte de transformation des pratiques par les données, soulève des questions de qualité de ces données, tant au niveau du regroupement des données issues de diverses sources, qu’au niveau de l’analyse de l’information pouvant exposer des erreurs ou des biais lors de l’interprétation des résultats. La mise en place d’un système de gestion de qualité des données consiste à garantir un niveau de qualité des données permettant au système de fournir un produit ou un service conforme aux besoins attendus (des utilisateurs, chercheurs, et professionnels de santé) ainsi qu’aux exigences légales et règlementaires applicables..

Sur la base de 35h hebdomadaires. Repos le week-end et les jours fériés

Cadre

Quotité de travail : 100%

ACTIVITES

Mission générale :


Vous aurez pour mission générale de cadrer et concevoir des solutions applicatives ou des développements concernant l’intégration des données au sein de la plateforme Big Data et l’EDS, notamment dans le domaine de la cancérologie. Vous devrez mettre en oeuvre les solutions permettant l’évaluation et l’amélioration de la qualité des données.


Vous aurez ainsi pour missions :

  • Cadrer le besoin métier des données à intégrer dans l’EDS,
  • Définir la stratégie d’intégration des données à travers un certain nombre d’exigences
  • Définir la stratégie d’évaluation et d’amélioration de la qualité des données, avec identification des risques et impacts métier, définition du cadre d’évaluation de la qualité des données avec un ensemble de mesures traduisant des exigences de qualité spécifiques.
  • Participer à la stratégie de standardisation des données pour assurer l’interopérabilité des données intégrées dans l’EDS
  • Participer à la mise en œuvre de l’intégration des données du domaine dans l’EDS
  • Mettre en œuvre les solutions permettant l’évaluation et l’amélioration de la qualité des données.

Missions principales :

  • Cadrer, recenser, analyser et prioriser les besoins métiers des données à intégrer dans l’EDS en collaboration avec les chef(fe)s de projet pilotage, recherche et innovation, et plateforme méga-données
  • Coordonner les acteurs du projet avec les différentes parties prenantes (les centres de lutte contre le cancer, la collégiale,…)
  • Animer les ateliers métier avec les professionnels de l’AP-HP (groupe de travail EDS Cancérologie notamment) et d’autres partenaires (Centres de lutte contre le cancer, REDSIAM, SIRIC…)
  • Définir le périmètre des données et les exigences de solution d’intégration du domaine dans l’EDS
  • Veiller à la standardisation et l’interopérabilité des données intégrées : standardisation par rapport à des référentiels (terminologies) et des modalités de standardisation (modèles FHIR, OMOP).
  • Rédiger les contrats d’accès aux données sources de cancérologie
  • Participer à l’implémentation des composants et des outils associés (ETL, connecteurs spécifiques, …) pour l’intégration des données de cancérologie dans l’EDS dans le respect de la politique d'infrastructures et de sécurité de la plateforme Big Data
  • Mener les travaux de qualification et de fiabilisation des données recueillies avec les métiers afin de s’assurer que la qualité des données intégrée dans l’EDS est suffisante et adaptée à l'utilisation prévue
    • Analyser, détecter et centraliser les problèmes / anomalies de qualité des données intégrées
    • Définir un ensemble de mesures de qualité permettant d’identifier un niveau de qualité des données (profiling)
    • Développer un outil permettant de visualiser au cours du temps les mesures de qualité des données en cohérence avec les attentes métier
  • Identifier les risques liés à l’intégration des données dans l’EDS
  • Rédiger et maintenir une documentation exhaustive et complète du domaine et des données
  • Planifier, piloter, communiquer et assurer le reporting des activités du domaine



Conditions requises

Savoir-faire requis

  • Animer et conduire les ateliers
  • Cadrer les besoins et les enjeux métier
  • Gérer les exigences : recueillir, analyser, formaliser, documenter et valider les besoins fonctionnels et non fonctionnels
  • Concevoir des modèles de données et appréhender les formats de données
  • Développer des procédures d’échange et d’intégration de données
  • Définir et mettre en place des solutions d’analyse et de visualisation de données
  • Adapter les moyens mis à disposition (ressources financières, humaines) et gérer le planning du projet

Connaissances associées

  • Connaissance métier appréciée, notamment du domaine de la cancérologie
  • Connaissance souhaitée en gestion de projet (agile et connaissance des approches en V)
  • Connaissance approfondie des méthodes d’analyse et de modélisation (Merise, UML …)
  • Connaissances approfondie en gouvernance des données (qualité des données et MDM)
  • Connaissance en normes et en standards d’échanges (OMOP, FHIR, …)
  • Connaissance des bases de données (PostgreSQL, Oracle) et la maîtrise des langages de requêtes associées
  • Connaissance d’un ou de plusieurs outils de visualisation des données
  • Expérience dans l’intégration de données dans des entrepôts de données et/ou datalake
  • Expérience technique des outils d’alimentation (tels que ETL - Talend)
  • Connaissances appréciées des nouvelles technologies (cluster, NoSQL, Big Data, Hadoop , …)


Savoir-être requis

  • Etre passionné par la data et les nouveaux usages
  • Etre à l’écoute de l’innovation et des évolutions technologiques
  • Etre à l’aise dans un environnement multi-métier et multi-technologiques
  • Savoir travailler aussi bien en autonomie qu’en équipe
  • Etre organisé, rigoureux, méthodique, flexible et agile
  • Etre force de proposition, curieux et créatif
  • Etre doté d’un bon esprit d’analyse, de synthèse, d’une grande aisance orale et rédactionnelle
  • Avoir d’excellentes aptitudes relationnelles et de communication, d'accompagnement au changement, une bonne capacité d’écoute et de vulgarisation, et la capacité d’animation de groupes de travail
  • Savoir communiquer efficacement sur l’avancement des tâches auprès de sa hiérarchie

PREREQUIS/FORMATION

  • Diplôme d’ingénieur ou équivalent (bac+5, master2) en informatique ou sciences (mathématique, physique, sciences de la vie) avec formation complémentaire en informatique.

EXPERIENCE CONSEILLEE

  • Expérience professionnelle dans le domaine de la santé souhaitée
  • Expérience professionnelle dans le domaine des entrepôts de données souhaitée
  • Anglais professionnel


EVOLUTIONS POSSIBLES DU POSTE ET DE SON ENVIRONNEMENT

Liées au développement de l’Entrepôt de Données en Santé.


Numéro de référence

n/a

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